Son nom est attesté en 1417 sous la forme « Beatus Dionisius de Putheys ». Saint-Denis est un hagiotoponyme. Pour le déterminant « des-Puits », on imagine toujours des puits à margelle, alors qu’il s’agit de toutes sortes de mares ou d’étangs selon le sens ancien de « puteus ». On nomme ses habitants les « dionysiens » et les « dionysiennes ». Le village se distingue grâce à son église Saint-Denis, à l’allure romane et gothique. Il est dit que dans le cimetière attenant à l’église, il existe un puits au fond duquel se trouverait Saint-Denis et dont l’eau préserve de la rage les animaux mordus par des chiens enragés. En plus de posséder un magnifique bois et deux étangs, le village est traversé par Le Loir. On remarque aussi la présence au lieu-dit le « Chêne-Doré » d’un chêne du même nom, témoin de l’âge celtique et surnommé ainsi en souvenir de la tradition druidique du gui cueilli avec une faucille d’or. En 1944, il faut savoir que l’armée américaine a d’abord libéré Saint-Denis-des-Puits avant de poursuivre sa route à Courville-sur-Eure.